2009年2月24日，第三届山东省学位委员会第一次全体会议审议并确定了全省2008年—2015年新增博士、硕士立项规划建设单位，山经与山财两校以实质性合并为前提联合申报，被选审授予为新增博士规划建设单位。山东省政府审时度势，极力促成两校合并，两校领导深明大义，终于，“山东财经大学”第一次出现在了政府主管部门的文件上。

2009年6月，山东省对新增博士、硕士学位授予单位立项建设规划进行公示，明确“山东财经大学（暂定）立项建设博士学位授予单位”。

2011年4月，教育部致函山东省政府，同意山东经济学院与山东财政学院合并筹建山东财经大学，筹建期限为1年。

2011年6月29日，山东省人民政府下发关于组建山东财经大学（筹）的通知，撤销山东经济学院和山东财政学院的建制，山东经济学院与山东财政学院正式合并组建为山东财经大学（筹）。

2011年7月4日上午，山东省人民政府在济南南郊宾馆召开山东财经大学组建大会，即山东财经大学（筹）领导干部会议，标志着山东经济学院和山东财政学院合并筹建山东财经大学工作全面正式启动，随后的时间里学校开始进行机构、学科、人员等一系列的整合和调整。

2011年12月下旬，学校接受了全国高校设置评议委员会专家组对该校筹建工作的全面评估。

2011年12月28日，财政部、教育部关于山东财经大学等高校省部共建工作会议在北京召开。财政部、教育部、山东省决定共同建设山东财经大学。

2012年1月13日，教育部在沈阳召开全国高校设置评议专家委员会会议，在评审过程中，山东财经大学以高票顺利通过去“筹”。

2012年3月2日，教育部正式公示山东财经大学“去筹”成功。

2012年6月9日，山东财经大学揭牌庆典在山东大厦举行。山东省委副书记、省长姜大明为山东财经大学校牌揭牌。

2012年8月23日，财政部、教育部和山东省人民政府签署协议，共同重点建设山东财经大学。

2012年8月30日，“中国财政发展2011协同创新中心”在北京揭牌成立，山东财经大学由此进入“国家2011计划”支持参与高校。

2013年1月25日，由山东省学位委员会组织的专家组对山东财经大学博士学位授予单位立项建设情况进行整体验收。

2013年3月2日，高等学校创新能力提升计划（2011计划）——“会计改革与发展协同创新中心”在上海财经大学挂牌成立，山东财经大学成为理事单位。

2013年7月，经国务院学位委员会批准，学校取得博士学位授予权。

2013年12月，学校入选山东省“省部共建人才培养特色名校立项建设单位”。